Link je spasitel všeho druhu, chrání psy, kočky, princezny a země všeho druhu!
Země Termina může být neskutečně vděčná za to, že Link se prochází právě po její půdě, jelikož nikdo schopnější v akční 3rd person dobrodružné hře, The Legend of Zelda Majora's Mask, zkrátka není k dispozici!
Pouze tři dny má Link na to, aby dokázal předejít hrozivé katastrofě. Poté má další tři dny a tento proces se může opakovat ještě tolikrát, dokud Link nepřijde na způsob, jak zachránit tuto planetu a zastavit hrozivého zloducha, kterým je samotný Skull Kid, který ukradl vzácný prastarý artefakt, jež způsobil tuto situaci. Pouze Linkova okarína však dokáže hýbat s časem a tyto melodie se hráč musí nejdříve pracně naučit.
Rozsáhlé dungeony v sobě ukrývají hrozivá monstra, která jsou ovládána důmyslnou umělou inteligencí, jejíž taktická zdatnost je velmi pestrá. Mimo hlavních příběhových úkolů může hráč samozřejmě plnit i ty vedlejší, které obohacují děj. Samotný Link má navíc speciální schopnosti, které mu umožní, aby se proměnil v jednu z několika různých kreatur, jež oplývají rozličnými schopnostmi a útoky. Tyto přeměny však ovlivní i chování NPC postav k němu.
Ujmi se Linka a zachraň svět!