Dr. Wily se zase zbláznil a chce zotročit celou lidskou rasu.
Spousta smutku a nenávisti dohromady dřímá v doktoru Wilym v akční plošinové hře Mega Man 3! Ten sice začal pracovat s doktorem Lightem, ale jen a pouze, aby danou práci ukradl a použil pro vlastní účely.
Temnota zachvátila srdce doktora Wilyho, jehož plány na ovládnutí světa byly dvakrát úspěšně zašlapány do země. Rozhodl se tedy, že se uklidní a pod falešnou maskou, začne pracovat s doktorem Lightem. Ten netušil, že Wily je vyšinutý blázen, a proto mu podal pomocnou ruku. Společně tak vytvoří speciálního robota, který jim pomůže udržet mír a klid na Zemi. Jakmile je však výtvor dokončen, Wily odhaluje svou pravou tvář, výsledek společné dřiny krade a opět se snaží ovládnout svět.
Osmička propracovaných úrovní čeká na hráče, aby je konečně ovládl a nastolil tolik kýžený mír. Hráč v roli Mega Mana bude primárně používat blaster, aby sestřelil těžké soupeře, které řídí neústupná umělá inteligence. Díky silným power-upům a speciálním zbraním, bude mít šanci to všechno dokázat. Souboje s bossy budou delikátní lahůdkou, kterou si vychutnají jak nováčci série, tak i zkušení harcovníci. V rámci soubojů bude mít Mega Man po svém boku i psího společníka, jenž se dokáže přeměnit i na jiné stroje.
Záchrana světa nepočká!