Kdysi bratři, dnes nepřátelé!
Mega Mana by ani ve snu nenapadlo, že bude bojovat se svým bratrem Protomanem. Jenže ten při svém běsnění v plošinové hře Mega Man 5 zničil již půlku města a nehodlá zastavit.
Mocná váha nad lidským osudem, tříme na hráčových bedrech, zatímco on jako Mega Man, se snaží zastavit svého dávného bratra Protomana. Ten bohužel zešílel a rozhodl se zničit město, půlku srovnal se zemí a už se chystal na tu další, ale nakonec ještě předtím unesl doktora Lighta a poštval svých osm kybernetických vojáků proti Mega Manovi, aby ho zabili a jeho ostatky odložili na vrakoviště, kam patří.
Hráč bude bojovat napříč rozmanitými 13 úrovněmi, kde se skrývají hroziví nepřátelé a není nikdo, kdo by mu pomohl. Mega Man tak musí spoléhat na sebe a bojovat o záchranu planety, seč mu síly stačí. Ukrutná umělá inteligence ho nenechá dýchat a každý jeho krok bedlivě sleduje. Naštěstí má po svém boku velmi širokou paletu zbraní, s nimiž může nepřátele rozprášit, kdykoliv se mu zlíbí.
Je to na tobě!