Tři mimozemšťani se vydávají na veledůležitou misi!
Dynamická strategie, Pikmin 3, je doplněna důvtipnými logickými hádankami, které hráč musí překonat, aby pro svou planetu našel ovoce, jež jí zachrání před hladomorem.
Celý příběh se odehrává na planetě PNF-404, tak jako v předchozích dílech. Tam byl hráč vyslán, aby našel zdroje jídla, které by se na jeho domovské planetě Koppai daly vypěstovat, aby předešlo dalšímu vymírání, kvůli hladomoru. Tři objevitelé zde nyní musí postavit základnu, najít jakékoliv použitelné jídlo a urychleně se vrátit na svou planetu. Na jejich strastiplné cestě jim však pomohou domorodí obyvatelé.
Hráč se bude řídit takovou malou různorodou armádu domorodých Pikminů, kteří se rozhodli hráči pomoct. Planeta je rozdělena do pěti jednotlivých sektorů, přičemž každý z nich oplývá jinou flórou. Ty hráč musí prozkoumat, zatímco bude rozkazovat malým domorodcům, aby mu pomohli s těžkými objekty nebo prolezli tam, kam by se nikdo jiný nedostal. Nic však nebude tak jednoduché, jelikož i umělá inteligence povolává do boje své síly a zástupci místní fauny, nejsou nadšeni z nově utvořeného spojenectví.
Zastav hladomor!