Bratři, jak se patří, opět vyrážejí do akce, tentokrát aby zachránili spanilou princeznu.
Už to vypadalo na krásnou dovolenou v plošinové hře Super Mario World, ale opak byl pravdou. Mario a Luigi se nemohou vzít dovolenou, jelikož princezna se ztratila a není k nalezení.
Oba bratři se opět vydávají na dobrodružnou cestu za nalezením spanilé princezny. Když zrovna odpočívali na pláži v zemi dinosaurů, krásná Toadstool najednou zmizela. Nikdo si toho nevšiml, jelikož bratři spali. Jakmile se probrali, situaci pochopili a vydali se na pátrání. Když procházeli tajuplným lesem, najednou objevili velké vajíčko, které se najednou rozlousklo a odhalilo překvapení, které skrývalo uvnitř.
Cest k princezně je mnoho, a to především díky nádherně stylizovaným a důvtipně vyřešeným 96 úrovním. Což zaručuje velkou variabilitu prostředí a vylučuje možnou monotónnost. Na hráče také čekají trpká úskalí, jako například souboj s těžkými nepřáteli, kteří jsou řízeni výbornou umělou inteligencí. Ta hráče dokáže pořádně potrápit, především v soubojích s bossy. Životnost postav je omezena ukazatelem zdraví. Jakmile hráč umře, hraje celou úroveň znovu.
Záchrana princezny začíná!